El Museo de Historia Natural de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos (siglas: MHN-UNMSM), también llamado Museo de Historia Natural de Lima o Museo de Historia Natural «Javier Prado», es una institución académica ubicada en el distrito de Jesús María, en Lima, Perú. El museo está encargado de recolectar, investigar y exhibir organismos y muestras representativas del patrimonio natural del Perú y de la humanidad en lo concerniente a flora, fauna y geología. Como tal, es el primer museo en mostrar colecciones de zoología, botánica, ecología y geociencias del país.

Fue creado el 28 de febrero de 1918 en sesión extraordinaria de la facultad de ciencias de la Universidad de San Marcos, siendo entonces rector el Dr. Javier Prado y decano de la facultad el Dr. Enrique Guzmán y Valle. Inicialmente, desde 1918 hasta 1934 se ubicó en el segundo piso de la facultad de letras en la Casona de San Marcos, allí llegó a recibir la valiosa colección del investigador italiano Antonio Raimondi. En 1934 todas las colecciones se trasladan al local en Jesús María, donde se ubica hasta la actualidad como una dependencia del rectorado de la Universidad de San Marcos.

Cuenta con varias salas de exhibición, así como un auditorio; brinda además servicios de asesoría y diagnóstico sobre temas relacionados al ámbito natural, al mismo tiempo busca promover la protección y conservación natural del Perú por medio de su patronato. Cuenta con una biblioteca especializada, además realiza publicaciones especializadas de manera continua.

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